Sjafruddin pada tahun 1957 menjadi konflik dengan Presiden atas pembangkangnya untuk menasionalisasi kepentingan ekonomi Belanda, dan pembangkangnya kepada Demokrasi Terpimpin, yang memuncak dalam penulisan surat kepada Sukarno pada 15 Januari 1958, dari Palembang, Sumatera Selatan, di mana Sjafruddin berada di berbincang dengan Kolonel Barlian yang memberontak, memberitahu Sukarno untuk kembali ke Perlembagaan Indonesia.[5]

Beliau dipecat sebagai gabenor Bank Indonesia sebagai hasilnya, kerana Sjafruddin menjadi lebih terlibat dengan pemberontak yang disebut Pemerintahan Revolusi Republik Indonesia. Sjafruddin kurang akal daripada beberapa rekan PRRInya, yang menentang ultimatum lima hari (atas alasan strategi ketenteraan) pada 10 Februari 1958 kepada Perdana Menteri Djuanda Kartawidjaja untuk membentuk Kabinet baru dengan Hatta dan Hamengkubuwono IX, Sultan Yogyakarta, ketuanya. Maka pada 15 Februari 1958, Sjafruddin menjadi Perdana Menteri PRRI; tanda tangan beliau, yang telah muncul pada wang kertas tempoh republik (1945-1949), dan sebagai gabenor Bank Indonesia (1951-1958), muncul di nota PRRI. Sjafruddin menentang penubuhan sebuah negara berasingan Sumatera, bukannya melihat PRRI sebagai sebuah gerakan untuk integriti Indonesia, bertentangan dengan pemusatan kuasa di Indonesia. Kemudian, pemberontakan itu merupakan kegagalan, dan pada 25 Ogos 1961, Sjafruddin menyerah diri kepada tentera. Beliau telah dipenjarakan sehingga 26 Julai 1966,[6] walaupun beliau diberi pengampunan rasmi pada tahun 1961.[7]